Depuis deux décennies, la Guinée Bissau est utilisée comme une porte d'entrée par les trafiquants sud-américains. L'importante reprise du trafic de cocaïne en Afrique de l'Ouest constatée depuis 2019 a été marquée par plusieurs saisies record réalisées en Guinée Bissau.

La Commission ouest-africaine sur les drogues (WACD) affirme, dans une étude publiée en 2014, que des trafiquants de drogues colombiens ont financé en 2005 la campagne de réélection de l'ancien président bissau-guinéen Joao Bernardo Vieira. « Le trafic de drogues est devenu la principale activité économique de l'élite militaire du pays », poursuit le rapport de la WACD. En septembre 2006, une cargaison de près de 700 kilos de cocaïne est saisie par la police bissau-guinéenne tuyautée par Interpol. La drogue était transportée dans un véhicule de l'armée. Alertée, la hiérarchie militaire a fait récupérer la cocaïne dans les locaux de la police avant de la mettre en sécurité dans un coffre du ministère des Finances. Par la suite, la drogue a disparu et deux Colombiens arrêtés ont été relâchés par la justice. « La Guinée-Bissau a perdu le contrôle de son territoire », déclarait déjà en 2007 l'ancien directeur de l'Office des Nations unies contre la drogue et le crime (UNODC), Antonio Maria Costa.

Deux nouvelles affaires semblent montrer que la Guinée Bissau, après une baisse des saisies entre 2014 et 2018, est de retour aux affaires. En mars 2019, près de 800 kilos de cocaïne sont saisis à Safim, 1,8 tonne de cocaïne dissimulée dans des sacs de riz. Le Mali, en proie à une crise politique avec deux coups d'Etat militaires en neuf mois, voit une partie de son territoire échapper à son contrôle en raison de l'activité des groupes djihadistes. Les trafiquants de drogues profitent bien entendu de ce vide. Selon le rapport 2020 du Groupe d'expert des Nations unies sur le Mali, le "flux de stupéfiants le plus régulier à travers le Mali" reste celui du haschich marocain qui transite par la Mauritanie et le Mali puis prend la route de la Libye en traversant le Niger.